Amal usaha Muhammadiyah bidang pendidikan di Kabupaten Gresik bermula di wilayah kecamatan Gresik. Group Muhammadiyah Gresik yang dipimpin oleh KH. Faqih Usman mendirikan Madrasah Muhammadiyah pada Ahad, 3 Juli 1927 / 3 Muharam 1346 H di Gedung kampung kemasan. Peresmian ini juga dihadiri oleh KH. Mas Mansyur, salah satu tokoh nasional dan ulama Muhammadiyah.
Tahun 1928 madrasah ini berubah menjadi Volkschool Muhammadiyah, lalu berubah lagi menjadi Hollandsch Inlandsche School (HIS) Muhammadiyah. Setelah Indonesia merdeka, pada tanggal 1 Agustus 1947 berubah menjadi SD Muhammadiyah.
Kesadaran masyarakat saat itu terhadap pentingnya pendidikan untuk anak-anaknya semakin berkembang pesat. Banyak yang memercayakan putra putrinya bersekolah di SD Muhammadiyah Gresik. Banyaknya peminat ini dibatasi oleh aturan administrasi.
Untuk mengatasi hal tersebut, pada hari kamis 1 Agustus 1973, SD Muhammadiyah Gresik dikembangkan menjadi dua sekolah yaitu SD Muhammadiyah 1 dan SD Muhammadiyah 2. Pada 1 Januari 1974 kemudian bertambah SD Muhammadiyah 3 Gresik di Kelurahan Pulopancikan.
Saat ini, tiga sekolah yang berdampingan ini sepakat untuk seiring sejalan membangun kemajuan bersama. Slogan “Satu Kata, Satu Suara, Maju Bersama” disinergikan dengan citra baru SD Muhammadiyah Kompleks Gresik (SD MUGRES).
